Selanjutnya berdasarkan Keppres nomor: 177/2000 dan ditindaklanjuti dengan KMK Nomor: 02/KMK.01/2001, BUPLN ditingkatkan menjadi Direktorat Jenderal Piutang dan Lelang Negara (DJPLN) dan berdasarkan KMK Nomor:425/KMK.01/2002 KP3N dan KLN dilebur menjadi Kantor Pelayanan Piutang Negara dan Lelang (KP2LN). Sejalan reformasi birokrasi di lingkungan Kementerian Keuangan antara lain dengan penataan organisasi pada tahun 2006, fungsi pengurusan piutang negara dan lelang digabung dengan fungsi pengelolaan kekayaan negara pada Direktorat Jenderal Perbendaharaan, dibentuk Direktorat Jenderal Kekayaan Negara (DJKN) berdasarkan Peraturan Presiden Nomor: 66 tahun 2006.

Kantor Pelayanan Piutang dan Lelang Negara (KP2LN) berganti nama menjadi Kantor Pelayanan Kekayaan Negara dan Lelang dengan tambahan fungsi pelayanan dan pengendalian intern di bidang Kekayaan Negara, Penilaian serta Kepatuhan Internal sesuai PMK Nomor: 123/PMK.01/2006 dan berdasarkan PMK Nomor 102/PMK.01/2008 sebagaimana telah diubah menjadi PMK Nomor 170/PMK.01/2012 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Kekayaan Negara.

KPKNL mempunyai tugas melaksanakan pelayanan di bidang kekayaan negara, penilaian, piutang negara dan lelang. KPKNL menyelenggarakan fungsi sebagai berikut:

a.   inventarisasi, pengadministrasian, pendayagunaan, pengamanan kekayaan negara;

b.   registrasi, verifikasi dan analisa pertimbangan permohonan pengalihan serta penghapusan kekayaan negara;

c.   registrasi penerimaan berkas, penetapan, penagihan, pengelolaan barang jaminan, eksekusi, pemeriksaan harta kekayaan milik penanggung hutang/penjamin hutang;

d.   penyiapan bahan pertimbangan atas permohonan keringanan jangka waktu dan/atau jumlah hutang, usul pencegahan dan penyanderaan penanggung hutang dan/atau penjamin hutang serta penyiapan data usul penghapusan piutang negara;

e.   pelaksanaan pelayanan penilaian;

f.    pelaksanaan pelayanan lelang;

g.   penyajian informasi di bidang kekayaan negara, penilaian, piutang negara dan lelang;

h.   pelaksanaan penetapan dan penagihan piutang negara serta pemeriksaan kemampuan penanggung hutang atau penjamin hutang dan eksekusi barang jaminan;

i.    pelaksanaan pemeriksaan barang jaminan milik penanggung hutang atau penjamin hutang serta harta kekayaan lain;

j.    pelaksanaan bimbingan kepada Pejabat Lelang;

k.   inventarisasi, pengamanan, dan pendayagunaan barang jaminan;

l.    pelaksanaan pemberian pertimbangan dan bantuan hukum pengurusan piutang negara dan lelang;

m. verifikasi dan pembukuan penerimaan pembayaran piutang negara dan hasil lelang; dan

n.   pelaksanaan administrasi KPKNL.

Berikut susunan struktur organisasi KPKNL Kupang:

KPKNL Kupang berkedudukan di Kota Kupang, Ibukota Provinsi Nusa Tenggara Timur (NTT) yang berada di Pulau Timor, termasuk dalam gugusan Kepulauan Sunda Kecil (Lesser Sunda Islands). Lokasi KPKNL Kupang mudah dijangkau karena di kawasan pengembangan Kota Kupang (Walikota Baru), dan berkantor di Lantai IV Gedung Keuangan Negara, Jalan Frans Seda, Kota Kupang, + 10 km arah barat dari Bandara El Tari dan + 8 km arah tenggara pusat Kota Kupang.

Wilayah kerja KPKNL Kupang memiliki beberapa keunikan tersendiri karena dengan wilayah kerja yang sangat luas, yaitu seluruh kota/kabupaten di Provinsi NTT. Pada saat ini, KPKNL Kupang memiliki SDM sebanyak 21 pegawai, sedangkan jumlah satker yang menjadi mitra kerja KPKNL Kupang adalah sebanyak 705 satker. Luasnya wilayah kerja KPKNL Kupang, banyaknya jumlah satker serta terbatasnya jumlah pegawai justru menjadi tantangan dan pemacu semangat para pegawai dalam memberikan pelayanan terbaik kepada stakeholder.

Provinsi NTT berbatasan langsung dengan 2 (dua) negara berdaulat, yaitu dengan Timor Leste di sebelah Timur Kabupaten Belu dan sebelah Utara Kabupaten Timor Tengah Utara di Pulau Timor, dan Samudera Hindia di sebelah Tenggara Pulau Dana (Ndana) Kabupaten Rote Ndao yang berhadapan dengan Australia.

Wilayah kerja KPKNL Kupang meliputi seluruh Provinsi NTT  yang terdiri dari 1.192 pulau besar maupun pulau kecil yang terbagi menjadi 22 Kabupaten/Kota. Adapun pulau-pulau besar antara lain Kepulauan Flores-Adonara, Pulau Timor, Pulau Sumba, Kepulauan Alor-Pantar, Kepulauan Lomblen Solor, Kepulauan Rote Ndao dan Kepulauan Sabu-Raijua. Sehingga sering mendapat julukan sebagai “Indonesia Mini”.