Kantor Pelayanan Kekayaan Negara dan Lelang (KPKNL) Kendari merupakan unit operasional yang berada di bawah Direktorat Jenderal Kekayaan Negara (DJKN). Sejarah terbentuknya DJKN diawali dengan dibentuknya Panitia Urusan Piutang Negara pada tahun 1960 yang mempunyai tugas menyelesaikan piutang negara. Kemudian berdasarkan Keputusan Presiden nomor: 11/1976 dibentuk Badan Urusan Piutang Negara yang bertugas mengurus penyelesaian piutang negara. Sesuai Keppres nomor: 21/1991 dibentuk Badan Urusan Piutang dan Lelang Negara (BUPLN) yang menggabungkan fungsi lelang dari Direktorat Jenderal Pajak. Tindak lanjut Keppres nomor: 21/1991 dibentuklah unit operasional Kantor Pelayanan Pengurusan Piutang Negara (KP3N) yang bertugas untuk melaksanakan pengurusan piutang negara dan Kantor Lelang Negara (KLN) yang bertugas melayani lelang.

Selanjutnya berdasarkan Keppres nomor: 177/2000 dan ditindaklanjuti dengan KMK Nomor: 02/KMK.01/2001, BUPLN ditingkatkan menjadi Direktorat Jenderal Piutang dan Lelang Negara (DJPLN) dan berdasarkan KMK Nomor:425/KMK.01/2002 KP3N dan KLN dilebur menjadi Kantor Pelayanan Piutang Negara dan Lelang (KP2LN). Sejalan reformasi birokrasi di lingkungan Kementerian Keuangan antara lain dengan penataan organisasi pada tahun 2006, fungsi pengurusan piutang negara dan lelang digabung dengan fungsi pengelolaan kekayaan negara pada Direktorat Jenderal Perbendaharaan, dibentuk Direktorat Jenderal Kekayaan Negara (DJKN) berdasarkan Peraturan Presiden Nomor: 66 tahun 2006.

Kantor Pelayanan Piutang dan Lelang Negara (KP2LN) berganti nama menjadi Kantor Pelayanan Kekayaan Negara dan Lelang dengan tambahan fungsi pelayanan dan pengendalian intern di bidang Kekayaan Negara, Penilaian serta Kepatuhan Internal sesuai PMK Nomor: 123/PMK.01/2006 dan berdasarkan PMK Nomor 102/PMK.01/2008 sebagaimana telah diubah menjadi PMK Nomor 170/PMK.01/2012 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Kekayaan Negara.