Perubahan bentuk perguruan tinggi menjadi badan hukum telah menjadi sebuah perjalanan panjang selama kurang lebih tiga belas tahun. Dengan mengusung semangat reformasi, ditetapkannya Peraturan Pemerintah Nomor 60 Tahun 1999 tentang Pendidikan Tinggi dan Peraturan Pemerintah Nomor 61 Tahun 1999 tentang Penetapan Perguruan Tinggi Negeri Sebagai Badan Hukum dianggap sebagai cermin kebebasan dalam penyelenggaraan pendidikan tinggi, tidak hanya berupa kebebasan akademik dan otonomi keilmuan, namun juga otonomi dalam bidang keuangan.

Terhitung sejak tahun 2000 sampai dengan 2006, terdapat tujuh perguruan tinggi negeri yang ditetapkan statusnya sebagai badan hukum milik negara (BHMN) yaitu Universitas Indonesia, Universitas Gadjah Mada, Institut Pertanian Bogor, Institut Teknologi Bandung, Universitas Sumatera Utara, Universitas Pendidikan Indonesia Bandung dan Universitas Airlangga. Sesuai dengan bunyi Pasal 5 Peraturan Pemerintah Nomor 61 Tahun 1999, kekayaan awal BHMN berasal dari kekayaan negara yang dipisahkan (KND) dari Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara (APBN). Besarnya kekayaan awal perguruan tinggi yang dimaksud adalah seluruh kekayaan negara yang tertanam pada perguruan tinggi yang bersangkutan, kecuali tanah, yang nilainya ditetapkan oleh Menteri Keuangan.

Kekayaan awal dua BHMN perguruan tinggi yaitu Institut Pertanian Bogor dan Universitas Airlangga telah ditetapkan dan disajikan dalam laporan keuangan investasi pemerintah sebagai nilai penyertaan modal negara. Sedangkan kekayaan awal lima BHMN lainnya belum ditetapkan.

Pada 17 Desember 2008, dengan persetujuan bersama Dewan Perwakilan Rakyat Republik Indonesia dan Presiden Republik Indonesia, Undang-Undang Nomor 9 Tahun 2009 tentang Badan Hukum Pendidikan (UU BHP) disahkan. Namun peraturan tersebut menuai banyak protes yang sebagian besar berkaitan dengan kekhawatiran akan biaya pendidikan yang semakin tidak terjangkau oleh masyarakat dan juga dugaan pemerintah lepas tangan atas keberlangsungan pendidikan di Indonesia. Setelah melewati proses persidangan panjang, Mahkamah Konstitusi (MK) secara bulat menyatakan UU BHP batal demi hukum.

Menindaklanjuti keputusan MK yang menyatakan UU BHP batal demi hukum, pemerintah menetapkan Peraturan Pemerintah Nomor 66 tahun 2010 tentang Perubahan Atas Peraturan Pemerintah Nomor 17 Tahun 2010 Tentang Pengelolaan dan Penyelenggaraan Pendidikan. Di dalamnya disebutkan bahwa pengelolaan keuangan Universitas Indonesia, Universitas Gadjah Mada, Institut Teknologi Bandung, Institut Pertanian Bogor, Universitas Sumatera Utara, Universitas Pendidikan Indonesia, dan Universitas Airlangga menerapkan pola pengelolaan keuangan badan layanan umum. Bagi Institut Pertanian Bogor dan Universitas Airlangga, hal ini berarti KND yang ditempatkan sebagai kekayaan awal kedua perguruan tinggi BHMN tersebut harus dialihkan ke Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan. Sedangkan pada lima perguruan tinggi BHMN lainnya tidak perlu dilakukan pengalihan karena sejak awal belum dilakukan penyertaan modal negara atas kekayaannya.

Tidak lama berselang sejak perubahan bentuk perguruan tinggi BHMN menjadi BLU, Pemerintah menetapkan Undang-Undang Nomor 12 tahun 2012 tentang Pendidikan Tinggi (UU Dikti) yang mewajibkan pengelolaan perguruan tinggi BHMN dan perguruan tinggi BHMN yang telah berubah menjadi perguruan tinggi yang diselenggarakan pemerintah dengan pola pengelolaan keuangan BLU ditetapkan sebagai Perguruan Tinggi Negeri Badan Hukum (PTN BH). UU Dikti juga mengatur bahwa kekayaan awal PTN BH berupa KND kecuali tanah. Artinya, perubahan status ketujuh perguruan tinggi eks. BHMN menjadi PTN BH akan diikuti dengan proses penyertaan modal negara dengan terlebih dahulu melakukan perhitungan kekayaan awal PTN BH.

Saat ini empat perguruan tinggi eks BHMN yaitu Universitas Indonesia, Universitas Gadjah Mada, Institut Teknologi Bandung dan Institut Pertanian Bogor telah ditetapkan menjadi PTN BH melalui peraturan pemerintah yang ditandatangani Presiden Susilo Bambang Yudhoyono, sedangkan Universitas Sumatera Utara, Universitas Pendidikan Indonesia, dan Universitas Airlangga masih menunggu pengesahan sebagai PTN BH.

Dalam pengelolaan keuangannya, selain mendapat subsidi pendidikan berupa Bantuan Operasional Perguruan Tinggi Negeri (BOPTN) yang dianggarkan dari APBN, PTN BH juga dimungkinkan untuk memperoleh dana dari masyarakat. Menurut Peraturan Pemerintah Republik Indonesia Nomor 58 tahun 2013 tentang Bentuk dan Mekanisme Pendanaan Perguruan Tinggi Negeri Badan Hukum, penerimaan yang berasal dari masyarakat bukan merupakan penerimaan negara bukan pajak. Diharapkan, dengan pengelolaan keuangan yang lebih fleksibel, PTN BH dapat lebih meningkatkan mutu Tridharma Perguruan Tinggi yang menjadi kewajiban setiap perguruan tinggi. (mli, owill, f3)