Adapun tugas masing-masing unit kerja di KPKNL Sorong adalah:

1. Subbagian Umum mempunyai tugas melakukan penyusunan rencana dan pemantauan program serta dukungan teknis bagi pemangku jabatan fungsional, urusan sumber daya manusia, analisis kerja, keuangan, tata usaha, rumah tangga, kearsipan, perencanaan, pengadaan, penatausahaan, pengamanan, dan pengawasan barang milik negara serta pengelolaan area terpadu di lingkungan KPKNL Sorong;

2. Seksi Pengelolaan Kekayaan Negara mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan pelaksanaan penetapan status penggunaan, pemanfaatan, pengamanan, pemeliharaan, penghapusan, pemindahtanganan, pemusnahan, pengawasan, pengendalian, bimbingan teknis, penatausahaan dan akuntansi serta penyusunan laporan/daftar barang milik negara/kekayaan negara;

3. Seksi Piutang Negara mempunyai tugas penyiapan bahan pelaksanaan pengurusan piutang negara dan kewenangan Panitia Urusan Piutang Negara, bimbingan teknis, dan pembinaan, penatausahaan, penagihan serta optimalisasi dalam rangka pengelolaan piutang negara;

4.  Seksi Hukum dan Informasi mempunyai tugas melakukan penanganan perkara, pengelolaan dan pemeliharaan perangkat, jaringan, infrastruktur teknologi informasi dan komunikasi, penyajian informasi dan hubungan kemasyarakatan, implementasi sistem aplikasi, penyiapan bahan penyusunan rencana strategik, laporan akuntabilitas, dan laporan tahunan, penatausahaan berkas kasus piutang negara, serta verifikasi penerimaan pembayaran piutang negara dan hasil lelang;

5. Seksi Kepatuhan Internal mempunyai tugas melakukan pemantauan pengendalian intern, pengelolaan kinerja, pengelolaan risiko, kepatuhan terhadap kode etik dan disiplin, dan tindak lanjut hasil pengawasan, serta perumusan rekomendasi perbaikan proses bisnis.

6. Jabatan Fungsional Penilai Pemerintah mempunyai tugas yaitu melaksanakan kegiatan di bidang Penilaian yang meliputi properti, bisnis, dan/atau sumber daya alam;

7. Jabatan Fungsional Pelelang mempunyai tugas melaksanakan penjualan barang secara lelang, yang meliputi Lelang Eksekusi, Lelang Noneksekusi Wajib, dan Lelang Noneksekusi Sukarela.