Sampai sekarang masih banyak pihak yang belum memahami perbedaan dan persamaan antara audit eksternal dan internal di kalangan pemerintahan. Kita mengetahui bahwa ada beberapa lembaga pengawasan yang ada di lingkungan pemerintah, yaitu: Badan Pemeriksa Keuangan (BPK), Badan Pengawasan Keuangan dan Pembangunan (BPKP), Inspektorat Jenderal/Inspektorat di setiap kementerian/lembaga, daerah provinsi, dan daerah kabupaten/kota. Sering pihak institusi pemerintah yang menjadi sasaran audit masih bingung apa perbedaan dan persamaan di antara mereka. 

    Menurut Peraturan Pemerintah Republik Indonesia Nomor 60 Tahun 2008 tentang Sistem Pengendalian Intern Pemerintah: “Pengawasan Intern adalah seluruh proses kegiatan audit, reviu, evaluasi, pemantauan, dan kegiatan pengawasan lain terhadap penyelenggaraan tugas dan fungsi organisasi dalam rangka memberikan keyakinan yang memadai bahwa kegiatan telah dilaksanakan sesuai dengan tolok ukur yang telah ditetapkan secara efektif dan efisien untuk kepentingan pimpinan dalam mewujudkan tata kepemerintahan yang baik”. 

    Menurut Peraturan Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi Nomor: PER/05/M.PAN/03/2008 tentang Standar Audit Aparat Pengawasan Intern Pemerintah:  

1. Audit adalah proses identifikasi masalah, analisis, dan evaluasi bukti yang dilakukan secara independen, obyektif, dan profesional berdasarkan standar audit untuk menilai kebenaran, kecermatan, kredibilitas, efektivitas, efisiensi, dan keandalan informasi pelaksanaan tugas dan fungsi instansi pemerintah. 
2. Reviu adalah penelaahan ulang bukti-bukti suatu kegiatan untuk memastikan bahwa kegiatan tersebut telah dilaksanakan sesuai dengan ketentuan, standar, rencana, atau norma yang telah ditetapkan.  
3. Pemantauan adalah proses penilaian kemajuan suatu program/kegiatan dalam mencapai tujuan yang telah ditetapkan.  
4. Evaluasi adalah rangkaian kegiatan membandingkan hasil/prestasi suatu kegiatan dengan standar, rencana, atau norma yang telah ditetapkan, dan menentukan faktor-faktor yang memengaruhi keberhasilan atau kegagalan suatu kegiatan dalam mencapai tujuan. 

    Berdasarkan pelakunya, audit bisa dibedakan menjadi audit eksternal dan audit internal. Audit eksternal pemerintah dilakukan oleh oleh Badan Pemeriksa Keuangan (BPK), sedangkan audit internal dilakukan oleh unit pengawasan intern (APIP) yang ada di dalam organisasi yaitu BPKP, Itjen/inspektorat, dan UKI (Unit Kepatuhan Internal). 

Berdasarkan tujuan auditnya, audit dikelompokkan ke dalam: (a) audit keuangan; (b) audit operasional atau audit kinerja; dan (c) audit dengan tujuan tertentu.  Audit keuangan adalah audit atas laporan keuangan, bertujuan untuk memberikan informasi kepada pihak-pihak yang berkepentingan tentang kesesuaian antara laporan keuangan yang disajikan oleh manajemen pemerintah dengan standar akuntansi yang berlaku, yakni Standar Akuntansi Pemerintahan/SAP.  Audit kinerja adalah audit atas pengelolaan keuangan negara yang mengarah pada kesesuaiannya dengan aspek keekonomian, keefisiensienan, dan efektivitasnya.  Audit dengan tujuan tertentu adalah audit yang ditujukan untuk meyakini kesesuaian pelaksanaan kegiatan, program, atau hal lain yang tidak termasuk dalam kategori audit keuangan dan audit operasional/kinerja. Di dalam jenis audit ini termasuk audit ketaatan dan audit investigatif. Audit ketaatan bertujuan untuk mengetahui apakah auditi dalam melaksanakan kegiatan-kegiatannya telah memenaati berbagai aturan yang ada. Sedangkan audit investigatif bertujuan membuktikan kebenaran informasi awal tentang adanya indikasi tindak pidana korupsi. Pada dasarnya, apa pun jenis auditnya, jika auditor menjumpai adanya ketidaksesuaian antara fakta dan kriterianya, auditor akan mengemukakan hal itu dalam bentuk temuan dan diakhiri dengan rekomendasi untuk perbaikannya. Pihak yang harus menindaklanjuti rekomendasi adalah manajemen. 

    Auditor Eksternal pemerintah adalah BPK sebagaimana diatur dalam Undang-undang Nomor 17 Tahun 2003 tentang Keuangan Negara, pasal 30 dan 31 menyatakan bahwa Presiden menyampaikan rancangan undang-undang tentang pertanggungjawaban pelaksanaan APBN kepada DPR berupa laporan keuangan yang telah diperiksa oleh Badan Pemeriksa Keuangan (BPK) selambat-lambatnya enam bulan setelah tahun anggaran berakhir. Laporan keuangan dimaksud setidak-tidaknya meliputi Laporan Realisasi APBN, Neraca, Laporan Arus Kas, dan Catatan atas Laporan Keuangan yang dilampiri dengan laporan keuangan perusahaan negara dan badan lainnya. 

    Sebagai implementasi amanat undang-undang tersebut, pemeriksaan (audit) oleh BPK diatur lebih lanjut dalam Undang-undang Nomor 15 Tahun 2004 tentang Pemeriksaan Pengelolaan dan Tanggung Jawab Keuangan Negara. Pasal 2 ayat (1) undang-undang tersebut menyatakan bahwa pemeriksaan keuangan negara yang dilakukan oleh BPK meliputi pemeriksaan atas pengelolaan keuangan negara dan pemeriksaan atas tanggung jawab keuangan negara.  Hal-hal yang mengatur secara rinci tentang BPK diatur dalam Undang-Undang Republik Indonesia Nomor 15 Tahun 2006 tentang Badan Pemeriksa Keuangan. Dalam undang-undang tersebut antara lain diatur tentang kedudukan dan keanggotaan, tugas dan wewenang BPK, pemilihan dan pemberhentian anggota dan pemimpin BPK, hak keuangan/administratif dan protokoler, tindakan kepolisian, kekebalan, larangan, kode etik, kebebasan, kemandirian dan akuntabilitas, pelaksana BPK, anggaran, dan ketentuan pidana bagi anggota BPK yang memperlambat atau tidak melaporkan hasil pemeriksaan yang mengandung unsur pidana, termasuk penyalahgunaan kewenangan.  

    Sumber hukum dari kewenangan BPK untuk memeriksa keuangan negara tersebut adalah Undang-Undang Dasar (UUD) Negara Republik Indonesia Tahun 1945. Pasal 23 E UUD 1945 menyebutkan bahwa untuk memeriksa pengelolaan dan tanggung jawab tentang keuangan negara diadakan satu Badan Pemeriksa Keuangan yang bebas dan mandiri. Hasil pemeriksaan keuangan negara diserahkan kepada Dewan Perwakilan Rakyat (DPR), Dewan Perwakilan Daerah (DPD), dan Dewan Perwakilan Rakyat Daerah (DPRD) sesuai dengan kewenangannya. Hasil pemeriksaan tersebut ditindaklanjuti oleh lembaga perwakilan dan/atau badan sesuai dengan undang-undang.  

    Pemeriksaan BPK dilakukan sesuai dengan standar pemeriksaan. Dalam penulisan laporan hasil pemeriksaan, BPK selalu menyatakan di dalam laporannya bahwa pemeriksaan telah dilakukan sesuai dengan standar pemeriksaan. Standar pemeriksaan merupakan patokan bagi para pemeriksa dalam melakukan tugas pemeriksaannya. Standar pemeriksaan BPK diatur dalam Peraturan Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia Nomor 01 Tahun 2007 tentang  Standar Pemeriksaan Keuangan Negara.  Standar pemeriksaan yang dimaksud antara lain mengatur: (1)  tanggung jawab manajemen entitas yang diperiksa; (2) tanggung jawab pemeriksa; dan (3) tanggung jawab organisasi pemeriksa dalam setiap pelaksanaan tugas pemeriksaan. 

    BPK, baik sebagai institusi pemeriksa maupun para pemeriksanya, dalam melaksanakan penugasan pemeriksaan juga wajib menaati kode etik. Untuk ini setiap anggota BPK dan pemeriksanya wajib: (a) mematuhi peraturan perundang-undangan dan peraturan kedinasan yang berlaku; (b) mengutamakan kepentingan negara di atas kepentingan pribadi atau golongan; (c) menjunjung tinggi independensi, integritas dan profesionalitas; dan (d) menjunjung tinggi martabat, kehormatan, citra, dan kredibilitas BPK. Kode etik yang berlaku di BPK diatur dalam Peraturan Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia Nomor 2 Tahun 2007 tentang Kode Etik Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia. 

    Auditor Internal pemerintah ada BPKP mendampingi Presiden dan Itjen/Inspektorat mendampingi Menteri/Kepala Lembaga. Selain itu, di setiap unit satuan kerja juga dibentuk Unit Kepatuhan Internal (UKI). Tujuan dibentuknya auditor internal di setiap jenjang pemerintahan tersebut adalah untuk membantu manajemen pemerintahan guna meningkatkan kinerja instansi pemerintah. Peraturan Pemerintah (PP) Nomor 60 Tahun 2008 tentang Sistem Pengendalian Intern Pemerintah menyatakan bahwa BPKP adalah aparat pengawasan intern pemerintah (APIP) yang bertanggung jawab langsung kepada presiden, Inspektorat Jenderal atau nama lain yang secara fungsional melaksanakan pengawasan intern adalah APIP yang bertanggung jawab langsung kepada menteri/pimpinan lembaga, 

    Peran APIP dalam membantu manajemen institusi pemerintah juga diatur dalam berbagai peraturan lainnya. Peraturan Presiden Nomor 54 Tahun 2010 tentang Pengadaan Barang/Jasa Pemerintah mewajibkan pimpinan institusi pemerintah untuk melakukan pengawasan terhadap PPK dan ULP/Pejabat Pengadaan di lingkungan K/L dan menugaskan aparat pengawasan intern yang bersangkutan untuk melakukan audit. Dalam setiap melaksanakan tugas audit, auditor internal juga wajib melaksanakannya sesuai dengan standar audit. Bahkan di dalam setiap menulis laporan hasil audit, auditor wajib mencantumkan satu kalimat di dalam laporannya bahwa audit telah dilaksanakan sesuai dengan standar audit.  Standar audit internal, antara lain diatur dalam: (1) Peraturan Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi Nomor: PER/05/M.PAN/03/2008 tentang Standar Audit; dan (2) Keputusan Kepala BPKP Nomor: KEP-378/K/1996 tanggal 30 Mei 1996 tentang Penetapan Berlakunya Standar Audit Aparat Pengawasan Fungsional Pemerintah.  

    Selain harus sesuai dengan standar audit, auditor internal juga diwajibkan untuk selalu berperilaku yang baik. Hal ini diatur dalam kode etik auditor. Prinsip kode etik adalah mengatur perilaku dalam setiap melaksanakan audit agar auditor tetap menjaga integritas, obyektif, kerahasiaan, dan meningkatkan/menjaga kompetensinya. Kode etik di lingkungan auditor internal pemerintah antara lain diatur dalam: (1) Peraturan Menteri Negara Pendayagunaan Aparatur Negara Nomor: Per/04/M.Pan/03/2008 tentang Kode Etik Aparat Pengawasan Intern Pemerintah; dan (2)  Aturan Perilaku Pemeriksa BPKP yang diterbitkan oleh Badan Pengawasan Keuangan dan Pembangunan tahun 1993.